Pour remplir les prestations écologiques requises (PER) et, ainsi, satisfaire aux conditions d’octroi des paiements directs, les exploitations agricoles suisses doivent présenter un bilan de fumure équilibré et des cycles d’éléments nutritifs les plus fermés possibles. Le nombre d’animaux de rente doit être adapté aux conditions locales. Dans ce cadre, la limite supérieure se situe à trois unités de gros bétail-fumure par hectare. Le bilan de fumure doit montrer que les apports en phosphore et en azote ne sont pas excédentaires. À cet effet, la Suisse utilise le Suisse-Bilanz, qui permet de comparer les besoins des plantes à la production d’éléments fertilisants issus de la garde d’animaux. Pour l’ensemble de l’exploitation, une marge d’erreur s’élevant au maximum à +10 % des besoins des cultures est admise dans le bilan aussi bien de phosphore que d’azote. Les quantités excédentaires d’éléments nutritifs doivent être cédées à des exploitations moins bien dotées.

Pour garantir la qualité et la quantité des plantes, il est essentiel de leur fournir des éléments nutritifs importants sur le plan tant quantitatif que qualitatif. Dans l’agriculture suisse, les engrais de ferme sont les engrais les plus utilisés, car ils couvrent 70 % des besoins en azote et 85 % des besoins en phosphore. Il est dans l’intérêt des exploitants d’épandre ces engrais de manière efficiente et d’éviter le plus possible les pertes. Ils doivent également respecter les dispositions de la loi sur la protection des eaux, laquelle règlemente aussi l’obligation de consigner, la durée d’entreposage et les distances pour l’épandage d’engrais de ferme. Tous les dix ans, les agriculteurs doivent prélever des échantillons de terre sur leurs parcelles pour en faire déterminer de façon exacte la teneur en éléments nutritifs. Les données ainsi obtenues servent à épandre les engrais de manière ciblée et conforme aux besoins, et dans le respect de l’environnement.

Pour compenser les lacunes d’approvisionnement, il est possible de recourir à d’autres engrais organiques ou minéraux, et ce dans l’agriculture aussi bien conventionnelle que biologique. De plus, les exploitants conventionnels peuvent épandre des engrais chimiques de synthèse. Tout engrais utilisé doit avoir été homologué par la Confédération. Il est encouragé d’utiliser des engrais de recyclage, comme le composte ou le digestat. D’ici à 2026, le phosphore présent dans les eaux usées et les déchets devra être revalorisé et remis à la disposition de l’agriculture.